register_shutdown_function を使います。
<?php
function shutdown(){
unlink("data/exec");
}
register_shutdown_function("shutdown");
?>
このようにしておくと、プログラム終了時に shutdown メソッドがかならず呼ばれ、data/exec というファイルは削除されます。
この関数は echo などを行っても何も表示されないので注意が必要です。
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