chmod,chgrp,chown を使います。
UNIXコマンドと同じですね。
<?php
$filename = "index.php";
$ret = chmod($filename,777); // $filename のパーミッション変更
$ret = chgrp($filename,"groupname"); // $filename のグループ名変更
$ret = chown($filename,"username"); // $filename の所有者変更
?>
失敗すれば $ret には FALSE が入ります。
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