バッチ処理などを行う場合、いちいちコマンドを打つわけには行きません。
ファイルに書いておいたSQL文をmysqlクライアントに渡すことで、ファイルに書かれたSQLを一括実行できます。コマンドラインで実行できるので、crontab などでも自動実行出来ます。
次のUNIXコマンドでSQL文を実行できます。
$ mysql -u root < SQLが書かれたファイル名
最初に使うデータベースを指定したい場合は、次のようにデータベースをコマンドラインで指定してあげます。
$ mysql -u root [データベース名] < SQLが書かれたファイル名
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PHP&MySQL