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ファイルロックする
flock を使います。

ファイルロックを行えば、ファイルが消えることは基本ありません。

<?php
$filename 
="data.txt";
$fp = @fopen($filename"r+");
flock($fp2);
fputs($fp"data");
flock($fp3);
fclose($fp);
?>

このように行います。
ここで注意点ですが、
fopen($filename,"w"); のようにファイルを開くと、ロックをしたとしてもデータが飛ぶ可能性が高いです。
というのは "w" モードで書き込みを行おうとすると、最初にファイルサイズを0バイトにするため、flock でファイルロックを行っても、データが飛んでしまいます。

flock する場合は r+ の読み書きモードで開きましょう。

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