trim,rtrim,ltrim を使います。
これらを使うと、文字列の右端or左端or両端のタブ、スペース、改行を取り除くことができます。
trim ・・・ 両端
ltrim ・・・ 左端
rtrim ・・・ 右端
$moji = " moji \n";
$moji = trim($moji);
とすると、$moji は "moji" に変換されます。
ファイルを読み込んだ際の１行は最後に改行が入っていたりするのでこのtrim関数で取り除きます。右端の場合はrtrim の方が適当かもしれません。
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